Spielplan
| Spiel | Spieltag/Runde | Datum | Uhrzeit | Heim | Gast | Ergebnis | Ticketinfos/Bericht |
| DFB-Pokal | 1. Runde | 08.08.2008 | 20.30 Uhr | FC Erzgebirge Aue | FC. St. Pauli | 5:4 n.E. | Bericht |
| Liga | 1. Spieltag | 15.08.2008 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | VfL Osnabrück | 2:2 | Bericht |
| Liga | 2. Spieltag | 22.08.2008 | 18.00 Uhr | SpVgg Greuther Fürth | FC St. Pauli | 5:2 | Bericht |
| Liga | 3. Spieltag | 31.08.2008 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | Bericht |
| Test | 03.09.2008 | 18.30 Uhr | SV Curslack-Neuengamme | FC St. Pauli | 0:0 | Bericht | |
| Test | 06.09.2008 | 15.00 Uhr | TSV Bargteheide | FC St. Pauli | 1:4 | Bericht | |
| Test | 07.09.2008 | 14.00 Uhr | Ostseeauswahl (Hasloh) | FC St. Pauli | 1:10 | Bericht | |
| Liga | 4. Spieltag | 12.09.2008 | 18.00 Uhr | 1. FC Kaiserslautern | FC St. Pauli | 4:1 | Bericht |
| Liga | 5. Spieltag | 19.09.2008 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | TSV 1860 München | 1:0 | Bericht |
| Liga | 6. Spieltag | 26.09.2008 | 18.00 Uhr | FC Hansa Rostock | FC St. Pauli | 3:0 | Bericht |
| Liga | 7. Spieltag | 05.10.2008 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | Alemannia Aachen | 3:2 | Bericht |
| Test | 08.10.2008 | 19.00 Uhr | TV Windbergen | FC St. Pauli | 0:12 | Bericht | |
| Test | 10.10.2008 | 19.30 Uhr | Einigkeit Wilhelmsburg | FC St. Pauli | 0:6 | Bericht | |
| Test | 11.10.2008 | 15.00 Uhr | Eider Büdelsdorf | FC St. Pauli | 0:1 | Bericht | |
Test |
11.10.2008 |
16.00 Uhr |
TuS Jevenstedt | FC St. Pauli | 0:9 | Bericht | |
| Liga | 8. Spieltag | 19.10.2008 | 14.00 Uhr | FC Augsburg | FC St. Pauli | 3:2 | Bericht |
| Liga | 9. Spieltag | 24.10.2008 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | SV Wehen Wiesbaden | 2:0 | Bericht |
| Liga | 10. Spieltag | 29.10.2008 | 17.30 Uhr | MSV Duisburg | FC St. Pauli | 1:2 | Bericht |
| Liga | 11. Spieltag | 02.11.2008 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | 1. FC Nürnberg | 1:0 | Bericht |
| Liga | 12. Spieltag | 10.11.2008 | 20.15 Uhr | SC Freiburg | FC St. Pauli | 2:0 | Bericht |
| Liga | 13. Spieltag | 14.11.2008 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | Rot-Weiß Ahlen | 2:2 | Bericht |
| Liga | 14. Spieltag | 23.11.2008 | 14.00 Uhr | 1. FSV Mainz 05 | FC St. Pauli | 2:2 | Bericht |
| Liga | 15. Spieltag | 30.11.2008 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | Bericht |
| Liga | 16. Spieltag | 07.12.2008 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | TuS Koblenz | 3:2 | Bericht |
| Liga | 17. Spieltag | 12.12.2008 | 18.00 Uhr | FSV Frankfurt | FC St. Pauli | 1:0 | Bericht |
| Winterpause | zum Winterfahrplan | ||||||
| Test | 24.01.2009 | 15.30 Uhr | FC St. Pauli | VfL Wolfsburg | 0:3 | Bericht | |
| Liga | 18. Spieltag | 30.01.2009 | 18.00 Uhr | VfL Osnabrück | FC St. Pauli | 2:2 | Bericht |
| Liga | 19. Spieltag | 08.02.2009 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | SpVgg Greuther Fürth | 0:3 | Bericht |
| Liga | 20. Spieltag | 13.02.2009 | 18.00 Uhr | Rot-Weiß Oberhausen | FC St. Pauli | 3:2 | Bericht |
| Liga | 21. Spieltag | 23.02.2009 | 20.15 Uhr | FC St. Pauli | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | Bericht |
| Liga | 22. Spieltag | 01.03.2009 | 14.00 Uhr | TSV 1860 München | FC St. Pauli | 5:1 | Bericht |
| Liga | 23. Spieltag | 06.03.2009 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | FC Hansa Rostock | 3:2 | Bericht |
| Test | 10.03.2009 | 19.00 Uhr | Altona 93 | FC St. Pauli | 0:2 |
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| Liga | 24. Spieltag | 15.03.2009 | 14.00 Uhr | Alemannia Aachen | FC St. Pauli | 1:3 | Bericht |
| Liga | 25. Spieltag | 22.03.2009 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | FC Augsburg | 1:1 | Bericht |
| Liga | 26. Spieltag | 05.04.2009 | 14.00 Uhr | SV Wehen Wiesbaden | FC St. Pauli | 3:1 | Bericht |
| Liga | 27. Spieltag | 12.04.2009 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | MSV Duisburg | 2:2 | Bericht |
| Liga | 28. Spieltag | 19.04.2009 | 14.00 Uhr | 1. FC Nürnberg | FC St. Pauli | 2:0 | Bericht |
| Liga | 29. Spieltag | 24.04.2009 | 18.00 Uhr | FC St. Pauli | SC Freiburg | 1:2 | Bericht |
| Liga | 30. Spieltag | 03.05.2009 | 14.00 Uhr | Rot-Weiß Ahlen | FC St. Pauli | 1:0 | Bericht |
| Liga | 31. Spieltag | 10.05.2009 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | 1. FSV Mainz 05 | 2:0 | Bericht |
| Liga | 32. Spieltag | 14.05.2009 | 20.15 Uhr | FC Ingolstadt 04 | FC St. Pauli | 0:1 | Bericht |
| Liga | 33. Spieltag | 17.05.2009 | 14.00 Uhr | TuS Koblenz | FC St. Pauli | 2:1 | Bericht |
| Liga | 34. Spieltag | 24.05.2009 | 14.00 Uhr | FC St. Pauli | FSV Frankfurt | 2:0 | Bericht |
